虫害控制是食品工厂必须考虑的重要问题，从厂房车间在设计时就要考虑。建筑完好、环境整洁、厂房车间密封是虫害控制的基础。车间与外界想通的人流门、物流门、安全门、窗户均需采取有效防护措施。有风幕、软门帘、纱窗纱帘、挡鼠板、灭蝇灯、诱饵站，通风管道、下水道的防护网等。
车间排水设施设计时应该尽量做大且便于清理，大一点浪费不了，小了污水下不去，车间那叫一个乱。不是城市排水系统雨季要经历考验，车间的排水也会出现不能及时排出的情况。污水要从高清流向低清，高清尽量使用小型带盖明沟加暗沟组合，低清使用带盖明沟。地漏应在房间内的最低处，至少要包括粗孔盖板、过滤网、水封，要具备过滤食品残渣，防止虫害入侵的功能。