由微生物（细菌、病毒、真菌）、寄生虫及昆虫等生物因子引起的污染，是食源性疾病的主要诱因。常见的致病微生物有大肠杆菌、沙门氏菌、李斯特菌细菌，黄曲霉、青霉等真菌，以及诺如、肝炎等病毒，寄生虫及昆虫等生物因子则主要是其虫卵。这些污染的普遍特性包括，数量巨大，分布广泛，且无法直观发现。
在食品厂，我们往往进行分区管理，将生产车间划分生区、熟区、清洁区，工具颜色区分（如红色为生食工具，蓝色为熟食工具），禁止跨区使用；如果是家用厨房，即便是用处理生肉的刀具直接切熟食，也可能导致生肉中的沙门氏菌转移至熟食（生物污染），更不用说食物落地，食物掉地后是否能食用，需综合环境风险、食物特性及污染程度判断，但风险是普遍存在的。
若地面经过清洁消毒，如食品车间的洁净区，污染风险很低；车间会根据控制标准将车间分为ABCD四级，先后采用紫外线、臭氧、蒸汽和多种消毒剂进行消杀，这些地方风险相对较低。
若是公共区域，则风险较高，大部分的病原体在不清洁不消毒的情况下，几乎可以一直存在并不断累积，比如厕所附近必然布满大肠杆菌、沙门氏菌，受潮的木地板很难避免黄曲霉、青霉，田间地头则很可能有虫卵。
| 消毒剂类型 | 适用材质 | 有效浓度 | 禁忌场景 |
|---|---|---|---|
| 75% 酒精 | 金属、玻璃、塑料 | 体积比 70%-75% | 厨房明火附近（闪点 13℃） |
| 含氯消毒剂 | 瓷砖、不锈钢 | 有效氯 500-1000mg/L | 铜制品（易产生铜绿）、织物 |
| 季铵盐类 | 电子设备、织物 | 0.2% 浓度 | 不能与肥皂同用（降低效果） |
| 过氧乙酸 | 空气、地面 | 0.5% 溶液 | 金属表面（强氧化性） |
| 次氯酸水 | 果蔬、餐具 | 50-100mg/L | 长时间光照（易分解） |
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